System operacyjny debian server ma kluczowe narzędzia oraz programy, które umożliwiają ścisłe funkcjonowanie komputera. Jako rdzeń używa się systemu operacyjnego zatytułowanego jądrem, częstokroć jest to jądro FreeBSD lub Linux. Jądro to zezwala na zarządzanie przeróżnymi programami oraz ich uruchamianie.